Футболният клуб "ЕСК Геестемюнде" е основан на 16 май 1899 г. в град Геестемюнде, Германия. През годините клубът се състезава в различни германски дивизии, като най-големият му успех е спечелването на регионалната лига "Норд" през сезон 1951/52.

След Втората световна война "ЕСК Геестемюнде" се превръща в основен клуб в регионалната лига "Норд". През сезон 1951/52 клубът печели първенството и се класира за квалификациите за Оберлига Норд, тогавашната най-висока дивизия в Германия. В квалификациите обаче "ЕСК Геестемюнде" отпада от "Фердер Бремен".

През следващите години клубът се състезава в регионалната лига "Норд", като постига няколко добри класирания. През 1963 г. обаче, след реорганизацията на германските футболни дивизии, "ЕСК Геестемюнде" е преместен в новата регионална лига "Норд". В тази лига клубът се състезава до 1974 г., когато е преместен в долната дивизия.

През следващите години "ЕСК Геестемюнде" се състезава в различни долни дивизии. През сезон 2000/01 клубът печели купата на провинция Долна Саксония, а през 2003/04 достига до полуфинал за купата на Германия, където губи от "Вердер Бремен".

В момента "ЕСК Геестемюнде" се състезава в четвърта дивизия на германския футбол, Регионална лига "Норд".