Дебютът на Нокс Сити в професионалния футбол идва в Лигата на щата Виктория през 2015 г., под ръководството на треньора Пол Гил. Клубът завърши пети в първия си сезон, а през 2016 г. се подобри до трето място, класирайки се за финалите за купата на федерацията, където загуби от Мелбърн Найтс.
През 2017 г. Нокс Сити достигна големия финал на Лигата на щата Виктория за първи път, побеждавайки Саут Мелбърн 4-2 в предварителния финал, след като завърши втори в редовния сезон с рекорд от 13 победи, 4 равенства и 3 загуби. Във финала те загубиха от Баракуд Мелбърн 2-0, а Адам Любомирски беше избран за играч на мача.
След края на сезон 2018 г. Нокс Сити прекрати участието си в Лигата на щата Виктория и се обърна към Националната Премиер Лига Виктория 1, вторият ешелон на футбола във Виктория. Те се справиха добре в първия си сезон в НПЛ Виктория, финиширайки трети с рекорд от 11 победи, 4 равенства и 5 загуби, само на 3 точки от второто място. Въпреки това клубът не успя да се класира за финалите, след като загуби от Мориланд Селтик в последния ден от сезона.
През 2020 г. Нокс Сити е върнат в Лигата на щата Виктория от страна на Футбол Виктория, след като Националната премиер лига Виктория беше отменена поради пандемията от COVID-19. Те завършиха сезон 2020 на 3-то място със 100% домакински рекорд и спечелиха Шампионската купа на Лигата на щата Виктория, побеждавайки Брансуик Сити на финала.
Сезон 2021 г. на Нокс Сити беше най-успешният в историята на клуба. Те завършиха на първо място в лигата с рекорд от 15 победи, 3 равенства и 2 загуби, спечелиха шампионата на Лигата на щата Виктория с победа с 2-1 над Булеен Лайънс на финала и достигнаха големия финал на Шампионската купа на Лигата щата Виктория, който загубиха от Футскрей Сити 2-1. Това представяне им донесе промоция в Националната премиер лига Виктория за сезон 2022 г.
Нокс Сити направи силно представяне и в Националната премиер лига Виктория през 2022 г., завършвайки пети в първия си сезон в лигата с рекорд от 10 победи, 3 равенства и 7 загуби. Те също достигнаха етапа на 32-те финала на Купата на ФА за втори път в историята на клуба, като загубиха от Брисбейн Роар с 3-2 в продълженията.