Байерн Мюнхен II (на немски: FC Bayern München II) е дублиращият отбор на Байерн Мюнхен. Състезава се в Трета лига на Германия. От 1973 до 2011 г. Байерн II се състезава в третото ниво на германския футбол. Между 2008 и 2011 г. е част от Трета лига, но през сезон 2010/11 завършва на последно място и отпада в Регионаллига Байерн. През сезон 2018/19 завършва на първо място и след баражи печели промоция за Трета лига.

Байерн Мюнхен II, познат още като Байерн Мюнхен аматьори, е резервният отбор на Байерн Мюнхен. Отборът се състезава в Регионална лига Бавария, четвъртото ниво на немската футболна лига.

Байерн Мюнхен II е основан през 1973 г. и играе домакинските си мачове на стадион „Грюнвалдер“ в Мюнхен. Съставът на отбора се състои предимно от млади играчи, които се стремят да се изкачат до първия отбор.

През годините Байерн Мюнхен II е спечелил няколко регионални титли, както и титлата на Оберлига Бавария през 2019 г. Отборът също така се е състезавал в DFB Pokal, германския футболен турнир за Купата на страната.

Известни играчи, които са играли в Байерн Мюнхен II, включват Томас Мюлер, Бастиан Швайнщайгер и Филип Лам.

Понастоящем Байерн Мюнхен II е воден от треньора Маурицио Далайо.